在建造波上宮社殿時，確認這裡是沖繩貝塚時代後期及14～16世紀的遺跡，由此可知這裡在建造波上宮之前就已是受人信奉之地。在『琉球神道記』（17世紀）、『琉球國由來記』（1713年）等中記載有波上宮（祭神是伊弉冉尊、事解男尊、速玉男尊）的起源，其與護國寺（本尊是阿彌陀如來、藥師如來、千手觀世音菩薩）一起受到人們的敬奉，也曾是舉行王府活動的重要場所。波上宮在第二次世界大戰中被毀，僅有鳥居得以殘留。戰後，波上宮、護國寺得以重建，但周圍海岸線已因填海造地因而不復舊貌。
小小的波上宮，幾乎是每位第一次來到沖繩的觀光客都會前來的地方，海外觀光客的密度特別高。
波上宮長期以來作為沖繩的代表神社，境內種植著扶桑花與棕櫚科樹種等熱帶植物，在主殿兩側供奉的是風獅爺像，而不是本州神社常見的狛犬像。
波上宮社務所有兩個窗口，一個負責御守、御札等授與品，另一個是御朱印與御朱印帳，御守窗口前排滿外國人，御朱印的窗口卻是沒人。
