館內展示眾多村上水軍和今治地區歷史文化等珍貴史料。此外，博物館前是曾為能島村上水軍根據地的能島，村上水軍曾在能島建造能島城，在這海域提供水路引導，設置水路關卡收費，並掌握此海域的制海權。能島城是續100名城。
續日本100名城印章
村上水軍是日本南北朝時代到室町・戰國時代在瀨戶內海活動的水軍（海賊眾）。勢力據點是以芸予諸島（名稱取自廣島縣和愛媛縣兩縣的舊國名安芸國和伊予國的各一字。）為中心的海域，之後大致分成能島村上家、來島村上家、因島村上家。代表的家紋是「丸內上文字」。
村上海賊，因「日本最大勢力的海盜」而聞名，並且在2016年被認定為日本遺產而開始受到關注。
一般而言，所謂的海盜就是在海上打劫往來船隻、搜刮金錢財物的強盜，但是村上海賊的存在是維持瀨戶內海的秩序。
從主要以守護芸予諸島海上安全的「海域安全保衛者」以及巧妙地運用駕船技術迎敵應戰，而後演變成多樣化的身份，是深受戰國武將信賴的「海軍」，也是活用地利之便、從國內外進行高級品和文化貿易的「商人」，更是以捕獲新鮮漁貨為生的「漁夫」。
戰國時代，因島村上氏臣從毛利氏。來島村上氏臣從河野氏，能島村上氏和河野氏保持友好關係，但是未臣屬。之後，成為在中國地方擴張勢力的毛利水軍之一翼。
來島村上氏在三家之中最早跟隨豐臣秀吉，被視為獨立大名，其他二家的能島村上氏是小早川氏、因島村上氏是毛利氏的家臣。1588年（天正16年）年，豐臣秀吉發布海賊停止令，村上水軍停止海賊眾的活動，轉往陸地發展。失去瀨戶內海制海權的村上海賊，從此不再活躍於歷史上。
村上海賊三家的後人
服務台隔離前台與後台的村上水軍暖簾
博物館高兩層樓，展場內容「全部」不能拍照。館內展示的資料九成以上是復原再現的模型，或學者們研究內容的圖片搭配文字解說，全部禁止拍照讓人覺得很小氣。
展示品中少數屬於具有歷史的真品的，是在村上海賊們的根據地能島，發掘出來的從中國與東南亞進口的瓷器碎片，是支持村上海賊同時是高級品和文化貿易的「商人」的證據。
可以搭船近距離靠近能島的乘船處，已經過了發船時間，只是來看看，一旁等候區的木桌，是可以辦海鮮露天燒烤的木桌
開車駛離村上海賊博物館，村上海賊博物館唯一的聯外道路狹窄是單線道
